Rozpoczęto odnowienie i rozbudowę kaplicy. W 1991 r. przybył do Krysowic ks. Andrzej Rams, który jako dobry pasterz prowadził rozbudowę kaplicy i jej oczyszczenie z chemikaliów. Dwukondygnacyjny kościół nabierał kształtów i dolna część kościoła została poświęcona 18 maja 1993 przez J. Eks. Ks. Abpa Mariana Jaworskiego. Górny kościół został poświęcony 7 października 1995 r. przez kanclerza kurii tarnowskiej ks. Karola Dziubaczka z zezwolenia i w obecności ks. Abpa Mariana Jaworskiego. Patronem dolnego kościoła pozostał św. Antoni, a górny kościół został dedykowany Matce Bożej Fatimskiej.
W 1995 r. ks. Edwin Żeszuto przywiózł z Fatimy figurę Matki Bożej, która w procesji z Lipnik została uroczyście wniesiona d kościoła. W listopadzie 1995 r. rozpoczęła się peregrynacja w rodzinach obrazu Matki Bożej Fatimskiej.
13 października 1997 kościół w Krysowicach został ogłoszony jako sanktuarium przez ks. abpa Mariana Jaworskiego. Dzięki staraniom następnych proboszczów ks. Janusza Potoka i ks. Mieczysława Frytka kult Matki Bożej fatimskiej rozwijał się na Mościckiej ziemi.
Od roku 2000 w Krysowicach pełnią posługę w nowo wybudowanym klasztorze Siostry Służebniczki NMP NP ( śląskie)
J. Eks. Ks. Abp Mieczysław Mokrzycki z dniem 1 sierpnia 2009 r. powołał samodzielną parafię Matki Bożej Fatimskiej w Krysowicach i przyłączył do niej Parafię Czyszki. Obecnie proboszczem i kustoszem sanktuarium jest ks. Paweł Antolak.
Do sanktuarium przybywa wielu pielgrzymów z Ukrainy, Polski i świata. Pielgrzymowali do Matki Bożej Fatimskiej m.innymi Ks. Kardynał Josef Tomko, Ks. Kardynał Tarsicio Bertone, ks. Abp Claudio Gugerotti, ks. Bp Grzegorz Kaszak.
W sanktuarium od maja do października trwają nabożeństwa fatimskie, w każdą środę jest nowenna fatimska i przeżywamy tutaj wiele uroczystości pod czujnym okiem naszej Matki. Wdzięczni Bogu i Matce Bożej Fatimskiej pragniemy przez dar korony poświęconej przez papieża Franciszka ogłosić Maryję Królową naszej ziemi i naszych serc.
Jeszcze raz serdecznie zapraszamy do wspolnej modlitwy i swietowania w sobote 13 maja!